Dospelý jaguár nemá žiadneho v potravinovom reťazci nadradeného predátora. Je to tiež kľúčový druh v tom zmysle, že redukuje populácie bylinožravých cicavcov, čím pomáha zachovávať štruktúru lesov. Zisťovanie toho, ako jaguár ovplyvňuje ekosystémy, je ale ťažké, pretože sa musia porovnávať dáta z oblastí, kde nežije, s tými, kde áno. Navyše sa musí započítavať ľudská aktivita. Prijíma sa tvrdenie, že populácia stredne veľkej zveri, ktorú normálne kľúčový predátor lovia, sa za jeho absencia rozmáha, čo má negatívny efekt na ekosystém. Práca v teréne ale ukázali, že tieto nárasty populácie môžu byť len chvíľkovým vychýlením od normálu, a tak v hypotézu kľúčových predátorov neveria všetci vedci.Jaguár má tiež efekt na iné predátormi. Jaguár a puma americká, druhá najväčšia mačkovitá šelma Ameriky, sú často sympatričtí (čo znamená, že že žijú na rovnakom území). Puma sympatrická s jaguárom je menšia než obvykle, pretože jaguár loví väčšiu zver a na pumu zostane tá menšia. Táto situácia môže byť pre pumu výhodná, pretože jej schopnosť jesť menšie zver sa jej oplatí v oblastiach ovplyvnených človekom. Aj keď oba druhy patria medzi takmer ohrozené, puma je v súčasnosti oveľa rozšírenejšie.
