Jaguár môže žiť v rôzne zalesnených aj otvorených prostrediach, ale len v blízkosti vody.
V Spojených štátoch sa vyskytuje len výnimočne, a to hlavne v Arizone, Novom Mexiku a Texase. Na začiatku 20. storočia bol rozšírený severne až ku Grand Canyonu a západne až k južnej Kalifornii. Vďaka Endangered Species Act je v Spojených štátoch chráneným druhom, takže už nie je lovený pre kožušinu. V roku 2004 bol zdokumentovaný jeho výskyt v južnej Arizone. Aby sa na tomto území mohol dlhodobo usadiť, je potreba ochrániť ho pred ľuďmi, poskytnúť mu vhodnú potravu a zabezpečiť mu spojenie s mexickou populáciou. 25. februára 2009 bol juhozápadne od Tucsonu chytený, označkované a zase prepustený třiapadesátikilový jedinec. To je severnejšie, než sa predpokladalo, a ukazuje to na možnosť existencie rozvíjajúce sa populácie v južnej Arizone. Neskôr sa potvrdilo, že je to rovnaký samec, ktorý bol odfotený v roku 2004 (hovorí sa mu Macho B), a je teraz najstarším známym jaguárom žijúcim v prírode (je mu asi 15 rokov). 2. marca 2009 bol Macho B, v poslednom desaťročí jediný jaguár žijúce v prírode pozorovaný v USA, opäť chytený a potom zabitý, pretože mu zlyhala oblička.
Dokončenie americko-mexickej bariéry, ktorá má zabrániť prechádzania hraníc ilegálnym prisťahovalcom, spôsobí úbytok populácie jaguára v Spojených štátoch, pretože sa nebude môcť miešať s mexickou populáciou. Tiež zabráni rozmach jaguára ďalej na sever.
V minulosti jaguár žil na väčšine južnej polovice USA a na juhu vo väčšine Južnej Ameriky. Na severe sa jeho rozšírenie zmenšilo o 1 000 kilometrov a na juhu o 2 000 kilometrov. Fosília jaguára z doby ľadovej, ktoré sú staré 11 500 až 40 000 rokov, ukazujú jeho prítomnosť až v Missouri. Vtedajší jaguár vážil až 190 kilogramov, čo je oveľa viac ako dnes.
Žije v dažďových lesoch v južnej a strednej Amerike, v mokradiach aj na suchých trávnatých pôdach. Z týchto troch dáva prednosť hustým lesom. [29] Na suchých územiach, ako sú argentínske pampy, mexickej pasienky alebo juh Spojených štátov, zaznamenala populácie jaguára najväčší úbytok. Žije v tropických, subtropických a suchých opadavých lesoch (v minulosti iv dubových lesoch v Spojených štátoch). Jaguár je závislý na vode a často žije u riek a močiarov av hustých dažďových lesoch, ktoré mu poskytujú vhodné prostredie k lovu zveri. Jaguár môže žiť aj v nadmorskej výške 3 800 metrov, ale väčšinou sa výškam vyhýbajú a nevyskytujú sa v Andách ani na Mexickej plošine.
Existujú dôkazy, že sa skupina nepôvodných melanických leopard alebo jaguárov vyskytuje v dažďových lesoch okolo Sydney v Austrálii. Správa obsahuje vyhlásenie viac ako 450 osôb, ktoré na tomto území videli veľké čierne mačky. Vládu Nového južného Walesu to znepokojilo natoľko, že si objednala odborníka, aby jaguármi chytil. Trojdňový lov bol síce neúspešný, ale ekológ Johannes J. Bauer na to povedal: "Aj keď je ťažké to prijať, pravdepodobne sa tu nachádza veľká mačkovitá šelma. Na tomto území [to je] pravdepodobne leopard, ale možno jaguár.
