Hlavné problémy pre jaguára predstavujú odlesňovanie, pytliactvo, hurikány v severných oblastiach jeho rozšírenie, a správanie farmárov, ktorí často jaguára zabijú, keď lovia ich dobytok. Keď má jaguár k dispozícii tura domáceho, stane sa hlavnou súčasťou jeho jedálnička. Aj keď spásanie pasienkov kravami robí jaguár problém, mohla sa jeho populácia zväčšiť, keď sa tur prvýkrát objavil v Amerike, a to vďaka novému zdroju potravy. Prijatie dobytka ako potravy robí problémy rančerům, ktorí si preto niekedy najímajú lovca jaguárov.
Pantanal, Brazília, tu zobrazený zaplavovaný, je jedným z hlavných výskytov jaguára.
Jaguár je uvedený v prílohe I v CITES, čo znamená, že všetok medzinárodný obchod s ním je zakázaný. Zákaz lovu jaguára platí v Argentíne, Belize, Kolumbii, Francúzskej Guyane, Honduras, Nikaragua, Paname, Paraguaji, Surinamu, Spojených štátoch, Uruguaji a Venezuele. V Brazílii, Kostarike, Guatemale, Mexiku a Peru je lov obmedzený na "problémové osoby" av Bolívii je povolené loviť jaguára ako trofej. V Ekvádore a Guyane nie je nijako chránený zákonom.
Súčasné snahy o zachovanie jaguára väčšinou spočívajú vo vzdelávaní rančerov v tejto oblasti av propagovanie ekoturizmu. Jaguár je považovaný za dáždnikový druh, čo znamená, že zabezpečením jeho ochrany sa zároveň ochráni aj menšie živočíchy, ktoré žijú na území jeho výskytu. Preto sa organizácia snažiaca sa o zachovanie prírody môžu sústrediť na jeho ochranu s pocitom, že tým ochránia aj ďalšie druhy živočíchov.
Kvôli nedostupnosti veľkej časti územia jaguárova výskytu je ťažké odhadnúť veľkosť jeho populácie. Výskumníci sa väčšinou zameriavajú na konkrétne Biogeografické regióny a celková analýza je výnimočná. V roku 1991 bola odhadnutá populácie v Belize na 600-1 000 jedincov. O rok skôr sa odhadovalo 125-180 žijúcich jaguárov na 4 000 km2 prírodnej rezervácie v Mexiku spolu s ďalšími 350 v štáte Chiapas. V majskej rezervácii v Guatemale o rozlohe 15 000 km2 môže žiť 465-550 jedincov. [64] Prieskum pomocou telemetrie s využitím GPS vykonaný v roku 2003 a 2004 ukázal v Pantanalu hustotu iba sedem jaguárov na 100 km2 s tým, že tradičnými metódami (vzorkovaním a pozorovaním) bola odhadnutá hustota 10 až 11 jaguárov na 100 km2.
7. januára 2008 H. Dale Hall, riaditeľ United States Fish and Wildlife Service, prijal rozhodnutie vlády Georgea W. Busha, že opustí od svojho cieľa zabezpečiť obnovu populácie jaguára. Niektorí odporcovia tohto rozhodnutia tvrdí, že jaguár je obetovaný vládnym snahám o vytvorenie plotu na hraniciach USA s Mexikom v miestach, kde jaguár tieto hranice prekračuje.
V minulosti boli snahy o ochranu jaguára realizované ochranou veľkých oblastí, kde žilo okolo päťdesiatich jaguárov. Vedci si však uvedomili, že na zabezpečenie výmeny génov medzi jaguármi z rôznych oblastí, ktorá je potrebná na zachovanie druhu, je potreba tieto veľké oblasti prepojiť. Na tento účel vznikol nový projekt Paseo del Jaguar (Jaguárova cesta).
