Ako všetky mačkovité šelmy je jaguár pravý mäsožravec (jej iba mäso). Jeho strava je rôznorodá a pozostáva z 87 druhov. Dáva prednosť veľkým živočíchom, lovia napríklad kajmany, jelene, kapybary, tapír, pekariovité, psy, líšky a niekedy aj anakondy. Jej ale aj menšie živočíchy, napríklad žaby, myši, vtáky, ryby, leňochody, opice a korytnačky. Niektorý jaguár môže jesť aj domestikované zvieratá, napríklad tura domáceho alebo koňa.
Jaguár mimoriadne silný skus, a to aj v pomere k ostatným veľkým mačkám. To mu umožňuje vniknúť do panciera obrnených plazov.
Aj keď jaguár vie zabíjať svoje obete prokousnutím hrdla, ako to robia všetky zvieratá rodu Panthera, radšej používa metódu medzi mačkovitými šelmami jedinečnú: svojimi tesákmi prehryznú spánkovú kosť (tá sa nachádza v lebke medzi ušami) obete a usmrtí ju narušením mozgu. To môže byť druh adaptácie, pretože kvôli vymieraniu živočíchov v neskorom pleistocéne sa stali dôležitou potravou jaguára korytnačky, ktoré majú tvrdé panciera. Toto prokousnutí lebky používa len u cicavcov, u plazov, ako je kajman, jaguár skočí na chrbát obete a poškodí jej krčné stavce, čím ju znehybní. Aj keď je schopný prehryznúť korytnačí pancier, môže len jednoducho do panciera strčiť labu a mäso z neho vyhrábnout. U menších živočíchov, napríklad u malých psov, môže jaguár k usmrteniu stačiť udrieť do ich lebky labou.
Jaguár radšej číha na svoju obeť a potom ju nečakane napadne, ako by ju naháňal. Pred tým, než ju napadne, potichu ju sleduje a počúva, a potom na nej z úkrytu rýchlo skočia - jeho lovecké schopnosti sú Indiánmi aj výskumníkmi považované za jedinečné. Jaguár môže za obetí dokonca skočiť do vody, pretože je schopný pri plávaní utiahnuť aj ťažká tela. Má takú silu, že dokáže vytiahnuť na strom mŕtvoly veľké ako jalovice, aby sa dostal mimo prúd vody.
Po usmrtení obete ju jaguár zatiahne do húšti alebo iného skrytého miesta. Jesť ju začne na krku a hrudi. Najskôr zje srdce a pľúca, potom ramená. Jaguár vážiaci 34 kilogramov, čo je dolná hranica dospelých jedincov, potrebuje denne zjesť 1,4 kilogramov mäsa. Jedinec s váhou 50-60 kilogramov chovaný v zajatí denne skonzumuje viac než 2 kilogramy mäsa. V prírode je jeho spotreba nestála, pretože musí vynaložiť veľké množstvo energie na chytenie obete. Môže zjesť až 25 kilogramov mäsa na posedenie a potom dlho nejesť. Na rozdiel od všetkých ostatných druhov rodu Panthera jaguár málokedy napáda človeka. Keď už sa to výnimočne stane, väčšinou sa zistí, že zviera je staré alebo zranené. Niekedy sa tiež stane, že vystrašený jaguár chovaný v zajatí napadne ošetrovateľa