Na základe morfologických dôkazov britský zoológ Reginald Pocock usúdil, že jaguár je najviac príbuzný leopardy, ale testy DNA sú v tomto ohľade nejednoznačné. Analýza mitochondriálneho DNA určila zrod jaguárov na dobu pred 280 000 až 510 000 rokmi, čo je neskôr, než ukazujú fosílne nálezy.
Poddruhy
Aj keď bolo objavené veľa poddruhov jaguára, najnovšie štúdie ukazujú, že sú len tri. Výmenu genetického materiálu obmedzujú geografické bariéry ako je napríklad rieka Amazonka.
Posledná taxonomický náčrt poddruhov jaguára vykonal v roku 1939 Reginald Pocock. Na základe pôvodu a morfológia lebky určil osem poddruhov. Nemal ale prístup ku vhodným vzorkám, aby mohol posúdiť všetky poddruhy, ao existenciu niektorých z nich vyjadril pochybnosti. Neskoršie preskúmanie jeho práce naznačilo, že existujú len tri poddruhy.
Najnovším štúdiám sa tiež nepodarilo nájsť presvedčivé dôkazy o existencii poddruhov, a tak sa dnes neuznávajú. Shawn Larson v roku 1997 študoval morfologické zmeny jaguára a objavil rozdiely medzi severnými a južnými živočíchy, ale tiež to, že rozdiely vnútri týchto hypotetických poddruhov sú väčšie ako rozdiely medzi nimi, takže rozdelenie na poddruhy nie je oprávnené.
Pocockovo rozdelenie na poddruhy sa stále používa pri všeobecnom popise jaguára. K. L. Seymour je rozdelil do troch skupín.
1. Panthera onca onca: od Venezuely po Amazonský prales
* P. onca peruviana: pobreží Peru
2. P. onca hernandesii: západné Mexiko
* P. onca centralis: od Salvádora ku Kolumbii
* P. onca arizonensis '): od západnej Arizony k Sonora
* P. onca veraecrucis: od stredného Texasu k juhovýchodnému Mexiku
* P. onca Goldman: od Yucatánu k Belize a Guatemale
3. P. onca palustris (najväčší poddruh, ktorý váži vyše 135 kg: pantanalské regióny Mato Grosso a Mato Grosso do Sul a pozdĺž rieky Paraguaj do Paraguaja a severovýchodnej Argentíny.
Mammal Species of the World rozoznáva deväť poddruhov-osem vyššie popísaných a P. o. paraguensis.
