Samice pohlavne dospieva približne v dvoch rokoch, samec v troch alebo štyroch. Jaguár sa pária počas celého roka, ale viac mláďat sa môže rodiť pri dostatku potravy. Výskum na jedincoch chovaných v zajatí nepreukázal žiadne sezónne výkyvy v kvalite semena, ale ukázal u nich menšie úspech v rozmnožování.Schopnost reprodukcie sa u samice prejavuje estrálním cyklom, ktorý trvá 6-17 dní a opakuje sa vždy po 37 dňoch. Samice v ruji na seba upozorňujú revom a ich moč zanecháva špeciálnu pach.
Dvojica jaguárov sa po párení oddelí a mláďa vychováva len samice. Obdobie gravidity trvá 93-105 dní a samica potom porodí až štyri mláďatá, väčšinou ale dve. Samice k mláďatám nepúšťa samca, pretože by ich mohol zabiť. Toto správanie je známe aj u tigrov.
Mláďa sa rodí slepé, zrak získa až po dvoch týždňoch. Po troch mesiacoch ho matka odstaví, ale v nore zostáva šesť mesiacov, než ju začne sprevádzať pri love. [38] So svojou matkou zostane jeden alebo dva roky, než ju opustí. Z počiatku mladý samec veľa cestuje so staršími jedinci do tej doby, než si uplatní nárok na vlastné teritórium. Jaguár sa v prírode dožíva 12-15 rokov, ale v zajatí môže žiť až 23 rokov, čo z neho robí jedného z najdlhšie žijúcich mačkovitých šeliem.
Sociálne správanie
Ako väčšina mačkovitých šeliem je jaguár mimo svoju materskú skupinu samotársky. Dospelí jedinci sa stretávajú len pri dvorení a párenie a sami si obsadzujú veľké teritórium. Samičie teritórium, ktoré dosahuje rozlohu 25-40 kilometrov štvorcových, môže presahovať do iného, ale samica sa sebe navzájom snažia vyhnúť. Samčie územia je približne dvakrát väčšia, jeho veľkosť závisí od dostupnosti zveri a nesiaha na území iného samca. Na označenie svojho teritória používa jaguár moču a výkalov.
Rovnako ako ostatné veľké mačky vedia jaguár revať (pričom samec reve silnejšie), čo využíva na odstrašenie narušiteľov teritória a sexuálnych konkurentov. V prírode boli zaznamenané situácie, keď sa dvaja jedinci navzájom přeřvávaly. Řev jaguára často pripomína opakujúce sa zakašľaní. Vie tiež mňoukat a bručet. Výnimočne sa spolu môžu dvaja samci pobiť o samicu, ale väčšinou sa vyhýbajú násiliu medzi sebou samými. Keď už spolu zápasia, tak je to najčastejšie kvôli teritóriu: samcovo územie môže obklopiť území dvoch alebo troch samíc a nestrpia v ňom inej samca.
Jaguár je často považovaný za nočného živočícha, ale v skutočnosti je najaktívnejší za úsvitu a súmraku. Lovia samec aj samica, ale samec kvôli väčšiemu teritóriu nacestuje viac. Keď má na dosah zver, loví vo dne. Je to celkom činorodý živočích, je aktívny približne 50-60% času. Pretože je jaguár vyhýbavý, je ťažké ho spozorovať a študovať.
