Medzinárodné slovo jaguar sa rozšírilo z portugalčiny, kam sa dostalo z niektorého tupijského jazyka. V ňom slovo yaguara znamená "zviera", niekedy sa prekladá ako "pes", ale označujú sa ním všetci mäsožravé cicavce. Pre jaguára sa v tomto jazyku používa výraz yaguareté, kde prípona-ete znamená "pravý" alebo "ozajstný".Prvá časť jeho vedeckého mena, Panthera, je latinský výraz pochádzajúci z gréckeho slova πάνθηρ, čo znamená leopard a je to typový druh tohto rodu. Toto slovo je pravdepodobne zloženina dvoch slov: παν, čo znamená "všetko", a θήρ, "predátor", dohromady teda "predátor všetkých" (zvierat). To môže byť ale len ľudová etymológia a namiesto toho môže mať slovo pôvod v slove pundarikam, čo v sanskrte znamená "tiger".
Onca pochádza z portugalského slova onca, ktoré má z typografických dôvodov pridanou cedillu. To pochádza z latinského lyncea, lynx, kedy bolo písmeno l nesprávne považuje za určitý člen (taliansky Lonza, starofrancouzsky l'once).
V mnohých stredoamerických a juhoamerických krajinách sa jaguár hovorí el tigre ("tiger").
