Jaguár je veľmi silné zviera. Dosahuje veľmi rozličných rozmerov, normálne váži 56-96 kilogramov, najväčšia z nich môžu ale vážiť aj 160 kilogramov (čo zhruba zodpovedá tygricu alebo levicu) a najmenší treba len 36 kilogramov. Samica je väčšinou o 10-20% menšia ako samec. Dospelý dorastá priemerne 1,62-1,83 metrov do dĺžky as chvostom meria až o 75 cm viac. Jeho ramená sú vo výške 67-76 centimetrov.
Hlava jaguára je robustný a jeho čeľusť mimoriadne silná. Čím južnejšie sa vyskytuje, tým väčšie má rozmery.
Lebka a čeľusť jaguára
Boli pozorované rozdiely vo veľkosti v závislosti od oblasti a prostredia výskytu. Od severu k juhu sa jeho rozmery zväčšujú. Výskum ukázal, že jedinec na území mexického štátu Jalisco váži priemerne medzi 30-50 kilogramami, čo je zhruba rovnako ako puma americká. Na druhú stranu v brazílskom Pantanalu váži priemerne 100 kilogramov a starší samec často 136 kg aj viac. Jaguár žijúci v lese je často tmavšie a menší ako ten na otvorenom priestranstve (Pantanal sú otvorené mokrade), najskôr kvôli menšiemu výskytu veľkých bylinožravcov v lesoch.
Vďaka krátkym a podsaditým končatinám je jaguár zdatný vo šplhanie, plazenie a plávanie. Svojim zhryzom, ktorý má zo všetkých mačkovitých šeliem najsilnejší, je schopný vyvinúť silu až 8 900 newtonov, čo je dvakrát viac ako lev. Po hyena škvrnité má najsilnejšie skus zo všetkých cicavcov; je to druh adaptácie, ktorý mu umožňuje preniknúť do korytnačích pancierov. Porovnávacia štúdia sily stisku v pomere k veľkosti tela ho spolu s levhartom obláčkovým zaradila na prvé miesto medzi mačkovitými šelmami pred leva a tigra. V jednom článku sa píše, že "jaguár je schopný v zuboch ťahať býka vážiaceho 300 kg 8 metrov a tiež rozdrviť najťažšie kosti". Jaguár lovia v hustej džungli divoké zvieratá vážiace až 300 kilogramov a jeho robustná telesná konštrukcia je teda adaptáciou na potravu a prostredie.
Melanický jaguár. Melanizmus je spôsobený dominanciou alely au jaguárov sa vyskytuje len občas.
Srsť má jaguár väčšinou žltohnedú, ale môže byť aj červenohnedá alebo čierna. Na srsti má škvrny (rozety), ktoré pripomínajú kvet ruže a ktoré používa ako maskovanie v džungli. Škvrny sú u každého jedinca iné - rozety môžu mať jednu alebo viac škvŕn a tvar týchto škvŕn sa tiež rôznia. Škvrny na hlave, krku a chvosta sú plnšie a môžu splynúť v pás. Pod bruchom, na krku, na vonkajších stranách končatín av dolnej časti bokov je jaguár biely.
U jaguára sa môže objaviť melanizmus, čo je čierne sfarbenie pokožky. Je menej časté ako škvrnité sfarbenie (objavuje sa asi u šiestich percent populácie) a vzniká v dôsledku bolo zvýšiť alely. Melanický jaguár je celý čierny, ale pri bližšom skúmaní sú škvrny vidieť. Je známy ako čierny panter, aj keď to nie je iný druh. Výnimočne sa u jaguára alebo iné veľké mačky môže objaviť albinizmus a tomuto jedinci sa potom občas hovorí biely panter.
Aj keď je jaguár veľmi podobný leopardy, je robustnejší a ťažší a má iné škvrny - rozety sú väčšie, väčšinou tmavšie, sa silnejšími líniami a malými škvrnami vo vnútri a je ich menej. Jaguár má tiež guľatú hlavu a kratšie a zavalitejšie končatiny.
